El archivo cuenta con cerca de 22,300 documentos sueltos, denominados de ese modo porque fueron separados de sus expedientes para ordenarlos cronológicamente en 773 libros manuscritos y diversas colecciones de otros tipos de documentos. Para la organización de los documentos sueltos y de la mayoría de las colecciones se respetó el orden cronológico: los primeros se dividieron en cinco periodos, tomando en consideración acontecimientos históricos de trascendencia para las instituciones de procedencia; en relación con las segundas, además del año se tomaron en cuenta las características especiales del material.